Ngày 22/10/2003, Moody rời bỏ ban nhạc ngay trong khi đi tua diễn album Fallen tại châu Âu, được cho là do bất đồng về quan điểm sáng tác.[29] Trong một buổi phỏng vấn vài tháng sau đó, Amy Lee phát biểu: "… Đã có lúc chúng tôi thống nhất rằng nếu không có gì thay đổi, chúng tôi đã có thể thu album thứ hai". Điều này khiến nhiều người không hiểu nổi, vì Moody và Lee đã nói trên bìa album rằng họ là bạn thân nhất của nhau.[30] Sau đó, Lee nói rằng việc Moody ra đi thực sự là một sự nhẹ nhõm sau những căng thẳng xảy ra trong nhóm.[30] Vị trí của Moody được thay thế bởi Terry Balsamo từ ban nhạc Cold.[31]

Người đại diện cho nhóm xác nhận ngày 14 tháng 7 năm 2006 rằng tay bass Will Boyd trước đó đã rời nhóm, với lý do "không muốn thực hiện một tua diễn lớn nào nữa", và "muốn gần gia đình hơn". Amy Lee là người thông báo thông tin này đầu tiên bằng một bài đăng trên trang không chính thức của nhóm, Evboard.com.[32] Trong một cuộc phỏng vấn với MTV, đăng trên trang web của nhóm ngày 10/8/2006, Lee đã thông báo rằng Tim McCord, tay guitar cũ của Revolution Smile, sẽ chuyển sang chơi bass thay cho Boyd.[33]

Ngày 4/5/2007, John LeCompt thông báo rằng anh đã bị sa thải khỏi Evanescence, và cũng nói thêm rằng tay trống Rocky Gray đã quyết định rời nhóm.[34] Trên trang Myspace của mình, LeCompt đã kể Lee đã sa thải anh ta qua điện thoại di động mà không báo trước hay đàm phán gì.[35] Gray sau đó, trên trang Myspace của mình, kể lại rằng anh bị yêu cầu không được tiết lộ bất cứ thông tin gì về lý do anh rời nhóm.[36] Trên trang web chính thức của ban nhạc, Lee viết rằng ban nhạc vẫn hoạt động và sẽ không có gì thay đổi trong tua diễn của nhóm.[37]Hãng Wind-up phát hành một ấn bản ngày 17/5/2007, khẳng định 2 thành viên của nhóm Dark New Day, tay trống Will Hunt và tay guitar Troy McLawhorn, sẽ thay thế vị trí của LeCompt và Gray.[38] Nhưng Lee viết trên trang EvThreads.com, rằng "Chúng tôi chỉ đang mượn tạm Will và Troy" và thêm rằng 2 người này sẽ không rời khỏi Dark New Day.[39] Lúc đầu có tin, Will và McLawhorn chỉ chơi với nhóm đến cuối tua diễn vào tháng 9/2007,[40] nhưng cả hai vẫn tiếp tục ở lại chơi cùng Evanescence đến tận cuối tua diễn The Open Door.[28]